bam文件怎么转换fastq

本文小编为大家详细介绍“bam文件怎么转换fastq”，内容详细，步骤清晰，细节处理妥当，希望这篇“bam文件怎么转换fastq”文章能帮助大家解决疑惑，下面跟着小编的思路慢慢深入，一起来学习新知识吧。

bedtools 转换bam文件为fastq文件

bamToFastq

Tool:    bedtools bamtofastq (aka bamToFastq)
Version: v2.25.0
Summary: Convert BAM alignments to FASTQ files.

Usage:   bamToFastq [OPTIONS] -i <BAM> -fq <FQ>

Options:
        -fq2    FASTQ for second end.  Used if BAM contains paired-end data.
                BAM should be sorted by query name is creating paired FASTQ.

        -tags   Create FASTQ based on the mate info
                in the BAM R2 and Q2 tags.

Tips:
        If you want to create a single, interleaved FASTQ file
        for paired-end data, you can just write both to /dev/stdout:

        bedtools bamtofastq -i x.bam -fq /dev/stdout -fq2 /dev/stdout > x.ilv.fq

直接转换成fastq 例如可以：

bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmapped.fastq

如果需要区分出bam文件中paired reads 可以：

bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmappedRead1.fastq -fq2 unmappedRead2.fastq

读到这里，这篇“bam文件怎么转换fastq”文章已经介绍完毕，想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会，如果想了解更多相关内容的文章，欢迎关注亿速云行业资讯频道。