怎么从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

今天小编给大家分享一下怎么从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据的相关知识点，内容详细，逻辑清晰，相信大部分人都还太了解这方面的知识，所以分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后有所收获，下面我们一起来了解一下吧。

其实可以用TCGAbiolinks 软件包中的GDCquery 函数，指定sample.type 去筛选样本。

比如：需要下载实体瘤组织的样本，那么指定sample.type 为 “Primary solid Tumor”即可：

query <- GDCquery(project = "TCGA-LGG", 
                      legacy = TRUE,
                      data.category = "Gene expression",
                      data.type = "Gene expression quantification",
                      platform = "Illumina HiSeq", 
                      file.type = "results",
                      experimental.strategy = "RNA-Seq",                      sample.type = "Primary solid Tumor")

以上就是“怎么从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获，小编每天都会为大家更新不同的知识，如果还想学习更多的知识，请关注亿速云行业资讯频道。