基因别名alias转换成官方symbol的方法

发布时间:2022-03-19 13:57:25 作者:iii
来源:亿速云 阅读:412

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limma包提供 alias2Symbol 可以将部分物种基因的别名,通过NCBI EntrezID转换成官方的gene symbol

譬如:以人的 AP2基因为例:

> alias2Symbol(c("AP2"),species = "Hs",expand.symbols = F)
[1] "GTF3A"

支持多alias同时转换。修改数组向量元素即可。

转换过程将依赖对应的org包,需要提前进行安装:

Package  Species

org.Ag.eg.dbAnopheles

org.Bt.eg.dbBovine

org.Ce.eg.dbWorm

org.Cf.eg.dbCanine

org.Dm.eg.dbFly

org.Dr.eg.dbZebrafish

org.EcK12.eg.dbE coli strain K12

org.EcSakai.eg.dbE coli strain Sakai

org.Gg.eg.dbChicken

org.Hs.eg.dbHuman

org.Mm.eg.dbMouse

org.Mmu.eg.dbRhesus

org.Pt.eg.dbChimp

org.Rn.eg.dbRat

org.Ss.eg.dbPig

org.Xl.eg.dbXenopus

感谢各位的阅读,以上就是“基因别名alias转换成官方symbol的方法”的内容了,经过本文的学习后,相信大家对基因别名alias转换成官方symbol的方法这一问题有了更深刻的体会,具体使用情况还需要大家实践验证。这里是亿速云,小编将为大家推送更多相关知识点的文章,欢迎关注!

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symbol alias

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