KEGG数据库pathway相关数据如何下载

发布时间:2022-03-19 13:39:07 作者:iii
来源:亿速云 阅读:1522

今天小编给大家分享一下KEGG数据库pathway相关数据如何下载的相关知识点,内容详细,逻辑清晰,相信大部分人都还太了解这方面的知识,所以分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后有所收获,下面我们一起来了解一下吧。

我们下载KEGG数据库的目的是为了研究目标蛋白参与了那些pathway 。 前面我们介绍了KEGG 数据库中蛋白序列的下载方式,现在来介绍一下patyway 相关数据的下载方式。这个主要采用KEGG 的API 进行获取,思路如下:

1. KEGG 有那些pathway ? 

访问的API地址是:

http://rest.kegg.jp/list/pathway

通过该API ,可以获得所有pathway的列表。

2.  pathway 上有那些KO (KEGG 中的ID编号)

访问的API地址是:

http://rest.kegg.jp/link/ko/map00010

其中map00010 就是对于的pathway 图的编号,通过遍历所有的pathway ,就可以kegg 数据库中跟pathway 相关KO。

3. KO 对应的蛋白编号是哪个?

访问API地址:

http://rest.kegg.jp/link/genes/K00500

其中K00500 就是我们在第二步中获得的KO, 通过遍历所有的KO,就可以获得在KO在不同物种中的基因(蛋白)编号。

通过这3个步骤,我们就可以获得了从蛋白到pathway, 相关的对应信息,通过该注释,我们就可以多不同物种的基因进行pathway 分析。

以上就是“KEGG数据库pathway相关数据如何下载”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获,小编每天都会为大家更新不同的知识,如果还想学习更多的知识,请关注亿速云行业资讯频道。

推荐阅读:
  1. 如何理解KEGG Orthology数据库
  2. 如何分析KEGG Brite数据库

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

kegg pathway

上一篇:如何使用Vennerable绘图

下一篇:C语言中如何利用and-or条件判断的特性来实现三元条件判断

相关阅读

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录
登录注册
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》