Pacbio中Cogent如何安装

这篇文章主要介绍了Pacbio中Cogent如何安装，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。

具体的步骤如下：

1. 安装Anaconda， 这个可以参考我们前面安装Iso-seq3的文档

2. 按Cogent 的依赖包

conda install -n anaCogent5.2 biopython
conda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-python
conda install -c http://conda.anaconda.org/timcera pulp

3. 安装Cogent, 目前的版本是v3.5,

cd <your_dir>
git clone https://github.com/Magdoll/Cogent.git
cd Cogent
# 目前最新版本是v3.5 
git checkout tags/v3.5
git submodule update --init --recursive
cd  Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src
make
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:<your_dir>/Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:<your_dir>/Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src
cd ../../
python setup.py build
python setup.py install

4.  验证Cogent安装是否成功

run_mash.py --version

如果说执行该条命令，能够输出Cogent的版本信息，那么安装就是成功的

感谢你能够认真阅读完这篇文章，希望小编分享的“Pacbio中Cogent如何安装”这篇文章对大家有帮助，同时也希望大家多多支持亿速云，关注亿速云行业资讯频道，更多相关知识等着你来学习!