Pacbio三代全长转录组如何进行转录本与基因组的比对

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Pacbio三代全长转录组进行数据分析，得到的转录本，可以同基因组进行比对（如果有基因组的话），比对的软件很多，推荐采用GMAP。

其使用方法如下：

gmap -D /share/nas1/zhangqx/testing/pacbio/ref/gmap -d ipoBat4  -f samse -n 0 -t 16  --cross-species --max-intronlength-ends 200000 -z sense_force   hq.fastq > hq_isoforms.fasta.sam  2> hq_isoforms.fasta.sam.log

常用参数说明如下：

-D : 指定参考基因组的gmap 建库目录

-d : 指定gmap 建库中的名称

-f : 指定输出文件的格式

-n:  输出结果中允许path 最多的数目

-t : 线程数量

--cross-species：以更加灵敏的算法进行可剪切比对，特别适合在物种间比对 

--max-intronlength-ends： 第一个和最后一个内含子的最大间距

-z： 指定转录本的方向

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