R语言怎么计算转录组中Count, TPM,FPKM

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R 代码如下：

countToTpm <- function(counts, effLen)
{
  rate <- log(counts) - log(effLen)
  denom <- log(sum(exp(rate)))
  exp(rate - denom + log(1e6))
}

countToFpkm <- function(counts, effLen)
{
  N <- sum(counts)
  exp( log(counts) + log(1e9) - log(effLen) - log(N) )
}

fpkmToTpm <- function(fpkm)
{
  exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6))
}

countToEffCounts <- function(counts, len, effLen)
{
  counts * (len / effLen)
}

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