GEOquery如何读取本地表达矩阵压缩包

这篇文章将为大家详细讲解有关GEOquery如何读取本地表达矩阵压缩包，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载，不过，有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错，可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中：

矩阵文件的基本命名格式：GSEXXXXX_series_matrix.txt.gz

为了避免手动整理，可以利用getGEO读取本地本地的矩阵文件，例如（以GSE66597为例）：

workdir = "F:/GEO/20180605/download/GSE66597"

#设置工作路径

setwd(workdir)

gset = getGEO(filename="./GSE66597_series_matrix.txt.gz",AnnotGPL=TRUE,destdir=workdir)

可以读取对应的矩阵文件外，还可以将其相关的平台注释信息文件下载到对应的工作目录（保存目录设置成工作目录）。

完成本都读取之后可以按照常规方法进行数据的提取和整理。

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