在MySQL的conf.d目录中错误配置可能导致以下后果：
MySQL服务器无法启动：如果配置文件中的错误导致MySQL服务器无法正常启动，将导致数据库无法访问，影响业务运行。
数据库性能问题：错误的配置可能导致数据库性能下降，导致查询效率低下，影响用户体验。
数据丢失：错误的配置可能会导致数据丢失或损坏，导致重要数据无法恢复。
安全漏洞：错误的配置可能导致数据库服务器存在安全漏洞，使得黑客可以轻易入侵数据库服务器，并获取敏感数据。
因此，应该谨慎配置MySQL的conf.d目录，并确保配置文件正确无误，以避免可能的后果。最好在更改配置之前进行备份，并进行测试以确保配置不会造成意外的影响。