配置MySQL JDBC连接池的最佳方式取决于您的应用程序需求和系统资源。以下是一些建议，可以帮助您配置最佳的MySQL JDBC连接池：
选择合适的连接池实现：有许多可用的连接池实现，如HikariCP、Apache DBCP和C3P0。根据您的需求和性能要求选择最合适的连接池实现。
设定最小和最大连接数：根据应用程序的预期负载设置最小和最大连接数。最小连接数可以在应用程序启动时创建一定数量的连接，而最大连接数可以根据需要动态增加或减少。确保这些值适合您的系统资源和应用程序需求。
连接超时设置：设置合理的连接超时时间，以便在连接无法建立时给予适当的处理。这可以避免因连接超时而导致的性能问题。
空闲连接回收：配置空闲连接回收时间，以便在连接长时间未使用时自动关闭。这有助于减少不必要的连接资源占用。
连接有效性检测：启用连接有效性检测，定期检查连接是否仍然有效。如果连接无效，将其从连接池中移除并创建新的连接。
连接泄露检测：配置连接泄露检测功能，以便在应用程序未正确关闭连接时发出警报。这有助于及时发现并解决潜在的资源泄漏问题。
性能调优：根据您的应用程序需求和系统资源调整连接池的其他性能参数，如连接创建时间、最大等待时间等。
监控和日志记录：配置适当的监控和日志记录，以便在运行时跟踪连接池的状态和性能。这有助于识别潜在的问题并进行优化。
以下是一个使用HikariCP连接池的示例配置：
HikariConfig config = new HikariConfig();
config.setJdbcUrl("jdbc:mysql://localhost:3306/mydb");
config.setUsername("username");
config.setPassword("password");
config.setMinimumIdle(5);
config.setMaximumPoolSize(20);
config.setConnectionTimeout(30000);
config.setIdleTimeout(600000);
config.setMaxLifetime(1800000);
config.setLeakDetectionThreshold(60000);
config.addDataSourceProperty("cachePrepStmts", "true");
config.addDataSourceProperty("prepStmtCacheSize", "250");
config.addDataSourceProperty("prepStmtCacheSqlLimit", "2048");
HikariDataSource ds = new HikariDataSource(config);
请根据您的实际情况调整这些配置参数，以获得最佳性能和资源利用率。