Java Matlab是一个基于Java语言的Matlab接口，用于在Java应用程序中调用Matlab函数和算法。原生Matlab是MathWorks公司开发的Matlab软件，用于科学和工程计算。
在功能方面，原生Matlab提供了丰富的数学函数和工具箱，以及强大的绘图和可视化功能。Java Matlab则允许用户在Java应用程序中使用Matlab的功能，但可能会受到性能和功能限制。
就性能方面而言，原生Matlab通常会更快速和高效，因为它是专门为科学计算而设计的。Java Matlab可能会有一定的性能损失，因为它需要在Java和Matlab之间进行数据传输和通信。
总的来说，原生Matlab适合进行复杂的科学计算和数据处理，而Java Matlab适合在Java应用程序中集成Matlab的功能。选择使用哪种工具取决于用户的需求和项目要求。