Java打印PDF和使用PDFBox库打印PDF的主要区别在于功能和灵活性。
Java打印PDF：Java本身提供了一些基本的打印功能，可以使用Java打印API打印PDF文件。但是这种方法通常比较简单，只能实现基本的打印功能，对于复杂的PDF文件可能无法完全满足需求。
PDFBox库：PDFBox是一个功能强大的Java库，可以用来处理PDF文件的各种操作，包括打印。PDFBox提供了丰富的API，可以实现对PDF文件的各种操作，包括打印设置、打印页码、打印多个文件等。使用PDFBox可以更灵活地控制打印操作，满足更多的需求。
总的来说，如果只是简单的打印PDF文件，可以使用Java自带的打印功能；如果需要更复杂的打印操作，建议使用PDFBox库来实现。