要保障 MySQL 的 conf.d 配置文件的安全性，可以采取以下措施：
限制文件访问权限：确保只有授权的用户可以访问 conf.d 目录和其中的配置文件。可以通过设置正确的文件权限和用户组来限制访问。
使用安全的账户管理：对于 MySQL 数据库，应使用安全的账户管理策略，包括使用强密码、定期更改密码、限制账户权限等。
加密敏感信息：对于包含敏感信息的配置，如数据库连接密码，应该进行加密处理，以防止泄露。
定期审查配置文件：定期审查 conf.d 配置文件，确保其中没有不必要的信息暴露或不安全的配置。
防止注入攻击：配置文件中应该避免使用动态构造语句的方式，以防止 SQL 注入攻击。
使用防火墙和安全软件：在服务器上安装防火墙和安全软件，及时更新补丁，以防止未经授权的访问。
通过以上措施的综合使用，可以有效保障 MySQL 的 conf.d 配置文件的安全性。