在使用PHP的substr函数时，可以避免乱码问题的方法是确保使用正确的字符编码。可以通过设置PHP的默认字符编码来避免乱码问题，例如使用mb_internal_encoding函数设置字符编码为UTF-8。另外，还可以使用mb_substr函数来代替substr函数，因为mb_substr函数支持多字节字符，可以更好地处理Unicode字符。
另外，还可以在输出时使用header函数设置正确的Content-Type头信息，指定页面的字符编码为UTF-8，例如：
header('Content-Type: text/html; charset=UTF-8');
这样可以确保页面正文的字符编码为UTF-8，避免乱码问题。最后，还可以在处理字符串时，确保文件的编码方式和处理方式一致，例如在处理中文字符串时，文件的编码应为UTF-8，避免编码转换带来的问题。