MySQL多实例的故障排查和恢复流程如下：
确认故障：首先需要确认哪个实例发生了故障，可以通过查看MySQL错误日志、系统日志以及监控工具等方式来确认。
确认故障原因：根据错误日志和系统日志中的错误信息，确定故障的具体原因，可能是数据库服务异常、网络故障、磁盘故障等。
判断影响范围：确定故障对其他实例的影响范围，是否需要对其他实例进行操作或者保护。
故障排查：根据具体的故障原因进行排查，可以通过重启数据库服务、查看数据库状态、检查网络连接、检查硬件状况等方式来解决问题。
故障恢复：根据故障的具体原因进行相应的恢复操作，可能需要重启实例、重新配置数据库参数、修复磁盘故障等。
测试恢复：在恢复操作完成后，需要进行测试验证，确认数据库服务已经恢复正常，数据完整性没有问题。
预防措施：根据故障原因制定相应的预防措施，避免类似问题再次发生，可以考虑定期备份、监控数据库性能、定期维护数据库等方式来提高系统稳定性和可靠性。