在Navicat中设置外键约束的作用是保证数据的完整性和一致性。通过设置外键约束，可以确保在一个表中的外键字段只能包含另一个表中已存在的主键值，从而避免数据不一致和错误的关联。外键约束还可以帮助数据库管理员更好地管理数据库关系，确保数据的有效性和准确性。