MySQL设置外键的作用是确保数据库之间的关系完整性，保证数据的一致性和有效性。通过外键约束，可以限制某些表的数据只能在另一个表中找到对应的值，防止数据不一致或者无效的情况发生。外键还可以帮助数据库管理系统进行优化查询和提高性能。