Maven assembly打包文件被覆盖问题

Maven的assembly插件使用：

最近在做一个小工程，利用java启动运行。

为了简单方便使用运行，利用maven的assembly将需要使用的jar都打包到一个jar中。这样无论拷贝到哪里，只有运行就可以，不用需要任何配置。

配置时指定mainClass，运行java的main函数时则可以不用指定包含main函数的类路径名。如运行下面的jar文件则非常简单方便（后台运行）：nohup java -jar CalculateScore.jar &

第一步：需要在pom的xml中添加配置；

第二步：配置maven的Run Configurations，Goals配置成assembly:assembly即可。

上面的过程一直在使用，很正常。但最近的小应用却出了问题：

打出的jar包不产生日志文件，具体说是不生成log4j的日志信息，程序运行正常也不报错，任何提示都没有。

网上各种查询，没有结果。为了解决问题就各种尝试。

脑子里一直有疑问：以前的都正常使用，都可以打印日志，为什么这个就不行呢？

各种尝试都不行，于是就反编译jar包来看。结果发现log4j.properties文件不是自己的那个文件，不知道是哪个包里的，而自己程序中都使用的Logger.getLogger(name)的形式，所以都无法打印日志信息。

问题来了，为什么不是自己的那个log4j配置文件呢？

Maven打包的时候Console中都有日志信息，仔细查看发现，多次提示log4j的配置已经加入并跳过。

于是猜想：一定是打包的过程中，先加载了其他jar中的log4j的配置文件，而以后的包括自己应用中的log4j的配置文件都被忽略了。

可是问题又来了，自己以前使用同样的方式，也使用了很多第三方包，都包含有log4j的配置文件，为什么都没有问题呢？查看以前的打的包，log4j的配置文件都是自己工程中配置的，这是为什么呢？

于是就开始比较打包的配置过程是否有差别，又有新发现：

Maven打包的Run Configurations配置中有项Base directory，这里配置有问题。

如下面的两张图所示：

如果Base directory中配置的是通过Browse Workspace选择的工程就会产生上面的问题；

如果Base directory中配置的是通过Browse File System选择的文件地址路径就不会产生上面的问题。

具体为什么会出现这种情况，有待研究。

会产生问题的配置方式：

不会产生问题的配置方式：