lncRNome数据库有什么用

发布时间:2022-01-15 17:13:23 作者:小新
阅读:165
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小编给大家分享一下lncRNome数据库有什么用,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!

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lncRNome是一个综合性的人类lncRNA数据库,中收录了超过17000个lncRNA,网址如下

http://genome.igib.res.in/lncRNome/

在该数据库中,提供了以下几种lncRNA的信息

  1. 染色体位置

  2. 基因类型

  3. 功能描述

  4. 相关疾病

除此之外,利用多组学分析,还提供了以下两种信息

  1. lncRNA相互作用的蛋白

  2. lncRNA上的SNP位点

  3. lncRNA上的甲基化位点/组蛋白修饰区域

官网提供了多种检索方式,可以通过lncRNA Id, 染色体编号,基因类型等方式进行检索,示意如下

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HOTAIR为例,检索结果包含以下信息

1. 基本信息

这部分包含了lncRNA的name, 类型,染色体定位,长度,相关疾病,文献等信息,示意如下

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2. 序列和二级结构

lncRNA的序列来自UCSC,二级结构采用RNAfold软件预测得到,示意如下

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3.  与蛋白质的相互作用

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4. 位于lncRNA区域的SNP位点

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5. 相关的表观修饰

包含了甲基化和组蛋白修饰信息,示意如下

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该数据库是免费下载的,可以下载以下数据

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以上是“lncRNome数据库有什么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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