TSCD数据库有什么用

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TSCD是Tissue-Specific CircRNA Database的简写,通过软件预测人和小鼠不同组织中的环状RNA,然后去寻找组织特异性的环状RNA。该数据库网址如下

http://gb.whu.edu.cn/TSCD/

从ENCODE和GEO这两个公共数据库中收集人和小鼠不同组织的转录组测序数据，然后利用以下3款软件识别其中的环状RNA

1. find_circ

2. CIRI

3. circRNA_finder

   
   

选取三款软件的并集作为最终的结果,为例降低假阳性率，只保留junction reads个数大于2的环状RNA。采用上述策略检测到所有组织中的环状RNA之后，接下来就可以识别组织特异性的环状RNA。

该数据库中,将只在某一个组织中表达的环状RNA定义为组织特异性的环状RNA, 简称TS circRNA,示意如下

识别到TS circRNA之后，后续还进行了以下3种分析

• 筛选表达量高的TS circRNA, 对其来源基因进行GO富集分析

• 预测miRNA结合位点，从环状RNA头尾各取50bp序列，用targetscan来预测这100bp序列上的miRNA结合位点

• 预测蛋白结合位点，从starbase数据库下载CLIP-Seq的数据，同样分析头尾个50bp区域上的蛋白结合位点

将以上所有的结果整合起来，就构建成了TSCD数据库，整个数据库构建的流程示意如下

官网提供了不同基因组版本供我们查阅，示意如下

点击Gene Symbol,可以查看该环状RNA在不同组织中的表达量，示意如下

点击MRE可以查看环状RNA可以结合的miRNA,示意如下

点击RBP可以查看环状RNA可以结合的蛋白,示意如下

该数据库不仅提供了一个环状RNA的集合，还提供了MRE,RBP等对应的功能注释信息。

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