DENdb数据库有什么用

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DENdb采用5种不同的方法对人类不同细胞系中的增强子进行了预测，同时还提供了增强子区域与DNA内切酶超敏位点，转录因子结合区域的overlap信息，该数据库网址如下

http://www.cbrc.kaust.edu.sa/dendb/index.php

采用的5种方法列表如下

1. ChromHMM

2. Segway

3. RFECS

4. CSI-ANN

5. ENCODE integrated annotation

   
   

该数据库中不同细胞系预测到的增强子数量汇总如下

每种方法对应的增强子数量统计如下

目前该数据库的检索功能已经失效了，只能从下载的文件中查看增强子的相关信息，从下载的enhancers.csv.zip文件中，可以查看每种细胞系中增强子的区间信息，部分文件内容示意如下

从下载的dnase.csv.zip文件中，可以得到DNAse_seq鉴定到的DNAse酶超敏位点，部分文件内容示意如下

从下载的enhancer_dnase.csv文件中，可以得到增强子与DNase酶超敏位点的交集信息，部分文件内容示意如下

类似的从下载文件也可以得到TFBS以及增强子与TFBS的交集信息，同时还提供了增强子靶基因信息，根据enhancer_targets.tsv.zip文件可以得到该信息，部分文件内容示意如下

该数据库中的增强子区间信息是基于hg19版的基因组来定位的， 其预测增强子区间的方法值得借鉴。

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