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小编给大家分享一下EnhancerAtlas数据库有什么用,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!
EnhancerAtlas结合三种高通量数据的分析结果来预测人和小鼠中的增强子,该数据库最新版本为v2.0, 网址如下
http://www.enhanceratlas.org/index2.php
对于人类增强子,基于hg19基因组版本进行预测,目前包含来自170种细胞或组织共共4,506,217个增强子信息;对于小鼠增强子,基于mm9基因组版本进行预测,目前包含来自150种细胞或组织共2,811,699个增强子信息。
支持直接输入基因名称或者基因组特定区域,查看在该区域内的增强子,示意如下
检索结果示意如下
采用了基因组浏览器的展示形式,每一行称之为track
, 黑色字体对应行表示每种方法检测到的该区域reads覆盖结果,红色字体对应行为综合多种方法得到的增强子区域的结果。
在结果页面,可以下载该区域包含的增强子的fasta序列文件,示意如下
也可以比较增强子在不同细胞系中的表达,检索框示意如下
检索结果示意如下
可以直观比较不同细胞系中增强子的表达情况。该数据库还支持展示增强子和基因之间的调控网络,检索框示意如下
调控网络的结果如下所示
除了在线检索功能外,该数据库中的数据还可以免费下载,无论是不同细胞系中增强子区间,还是增强子和基因间的调控网络,都可以直接下载得到。对于增强子研究而言,该数据库非常值得参考。
以上是“EnhancerAtlas数据库有什么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!
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