DGVa数据库有什么用

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DGVa是一个来自EBI的染色体结构变异数据库，通过文献整理和科研人员提交两种方式，存储了多个物种的染色体结构变异信息，网址如下

https://www.ebi.ac.uk/dgva

如下图所示

该数据库与NCBI的dbvar数据库是合作关系，二者会及时的进行数据交换。该数据库的信息可以通过EBI的基因组浏览器或者biomart系统进行查看，同时也提供了FTP下载功能。另外，该数据库中的部分信息也导入到了DGV数据库中。

和dbvar数据库一致，该数据库中的信息也分为了以下3个level

1. study,用std表示, 代表一个研究项目，该项目包含了一组结构变异分析结果，每个study有一个唯一的编号，如果来自NCBI，则以nstd开头，如果来自EBI,则以estd开头

2. variant regions, 用sv表示，代表存在结构变异的基因组区域，同样有一个唯一的编号，如果来自NCBI，则以nsv开头，如果来自EBI,则以esv开头

3. variant calls, 用ssv表示，代表一个具体的结构变异事件，包含了缺失，重复，CNV等多种类型，同样有一个唯一的编号，如果来自NCBI，则以nssv开头，如果来自EBI,则以essv开头

   
   

图示如下

通过Biomart可以灵活的查看和下载DGVa的数据，示意如下

官网也提供了以study为单位的下载功能，示意如下

DGva和dbvar的数据是同步的，只不过下载的文件格式不同，DGVa提供的是GCF格式，而dbvar则提供了CSV,TSV,VCF等多种格式。

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