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本篇内容主要讲解“R语言怎么分析群体遗传进化进化树”，感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷，实用性强。下面就让小编来带大家学习“R语言怎么分析群体遗传进化进化树”吧!
群体遗传进化进化树分析方法：
cd $workdir #回到工作目录 mkdir 01.phylo_tree cd 01.phylo_tree #文件格式转换 run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter #最大似然法构建进化树 #方法1：fasttree 构建进化树 fasttree -nt -gtr supergene.phy > fasttree.nwk #方法2：iqtree 构建进化树 设置boots值，最大似然法 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -T 2 -mem 8G \ -m GTR -redo \ -B 1000 -bnni \ --prefix iqtree #方法3：raxml 构建进化树 最大似然法 #raxml-ng -msa supergene.phy --model GTR --prefix raxml_tree \ # --threads 2 --seed 123 1>raxml.log 2>raxml.err ## with bootstrap #raxml-ng -all -msa supergene.phy --model GTR --bs-trees 1000 \ # --prefix raxml_tree_bootstrap --threads 2 --seed 123 1>raxml_bs.log 2>raxml_bs.err #方法4：phylip NJ法构建进化树 Phylip 格式对样品ID字符要求不超过10个，不然会截断 cp supergene.phy infile echo -e "Y\n" |dnadist cp infile.dist infile echo -e "Y\n" |neighbor mv outtree outtree.nwk
到此，相信大家对“R语言怎么分析群体遗传进化进化树”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是亿速云网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！
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