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这篇文章主要介绍“perl中如何输出指定ID对应的双端fastq文件”的相关知识,小编通过实际案例向大家展示操作过程,操作方法简单快捷,实用性强,希望这篇“perl中如何输出指定ID对应的双端fastq文件”文章能帮助大家解决问题。
给一个fastqID列表,输出指定ID对应的双端fastq文件:
perl get_fq_by_id.pl <id><fq1><fq2><OUT1><OUT2>
给一个fastqID列表,输出指定ID对应的双端fastq文件:
die "perl $0 <id><fq1><fq2><OUT1><OUT2>" unless(@ARGV==5); use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[1] |" or die "$!"; open my $FQ2 ,"zcat $ARGV[2]|" or die "$!"; my$fq1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ1,-format=>'fastq'); my$fq2=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ2,-format=>'fastq'); open my $GZ1 ,"| gzip >$ARGV[3]" or die $!; open my $GZ2 ,"| gzip >$ARGV[4]" or die $!; my$fqo1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$GZ1,-format=>'fastq'); my$fqo2=Bio::SeqIO->new(-fh=>$GZ2,-format=>'fastq'); my%keep=( ); open IN ,"$ARGV[0]" or die "$!"; while(<IN>){ chomp; next if /^#/; my@tmp=split(/\s+/); $keep{$tmp[0]}=1; } close(IN); my$i=0; while ( my $obj1=$fq1->next_seq() and my $obj2=$fq2->next_seq() ) { my$id1=$obj1->id; my$id2=$obj2->id; #print "$id1,$id2\n"; #die; if( exists $keep{$id1} or exists $keep{$id2}){ $fqo1->write_seq($obj1); $fqo2->write_seq($obj2); } } $fq1->close(); $fq2->close(); $GZ1->close(); $GZ2->close();
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