linux中fastq文件如何查看指定序列

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在处理fastq文件时，可能会遇到序列与质量值长度不一致或格式不正确等问题，这时候软件会报告哪条序列有问题，并给出序列ID，然后我们就要去查看这条序列是什么问题。但是，fastq文件通常是很大的，使用less命令可能很难搜索到，这时候我们可以用到下面的命令来查看。

zcat /share/nas1/DATA/zx-20180122-15/XM8_H33TNDMXX_L1_2.clean.fq.gz |grep -E "A00164:71:H33TNDMXX:2:2438:30400:20353" -C 4 >xm8-2.txt &

其中zcat可以查看fastq压缩文件，grep 匹配序列ID，参数 -C 4 可以输出匹配行的前后四行。

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