怎么利用samtools截取指定位置的序列

本篇内容介绍了“怎么利用samtools截取指定位置的序列”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件， 能够快速的提取任意区域的序列

用法：

samtools faidx input.fa

该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外， 其他行的长度必须相同,  

>one 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT 
GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC 
ATGCAT 
>two another chromosome 
ATGCATGCATGCAT 
GCATGCATGCATGC

最后生成的.fai文件如下， 共5列，\t分隔；

one 66 5 30 31
two 28 98 14 15

第一列 NAME   :   序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；

第二列 LENGTH:   序列的长度， 单位为bp；

第三列 OFFSET :   第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；

第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；

第五列 LINEWIDTH : 行宽， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度， 包括换行符， 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2；

提取序列：

samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa
samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa

“怎么利用samtools截取指定位置的序列”的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！