LncRNA与miRNA相互作用数据库LncBase怎么用

1. 引言

长链非编码RNA（lncRNA）和微小RNA（miRNA）在基因表达调控中扮演着重要角色。它们之间的相互作用对于理解细胞内的复杂调控网络至关重要。LncBase是一个专门用于研究lncRNA与miRNA相互作用的数据库，提供了丰富的实验验证数据和预测信息。本文将详细介绍如何使用LncBase数据库进行相关研究。

2. LncBase数据库简介

LncBase是一个综合性的数据库，旨在提供lncRNA与miRNA相互作用的详细信息。它整合了来自多个实验平台的数据，包括CLIP-seq、RNA-seq等，并通过生物信息学方法预测了潜在的相互作用。LncBase的主要功能包括：

• 实验验证的相互作用：提供经过实验验证的lncRNA-miRNA相互作用数据。
• 预测的相互作用：基于序列互补性和其他生物信息学方法预测的相互作用。
• 交互式可视化：提供交互式图表，帮助用户直观地理解相互作用网络。
• 数据下载：允许用户下载原始数据和结果，便于进一步分析。

3. 如何使用LncBase数据库

3.1 访问LncBase数据库

首先，打开浏览器并访问LncBase的官方网站：http://www.lncbase.org。在主页上，您可以看到数据库的主要功能和导航菜单。

3.2 搜索lncRNA-miRNA相互作用

3.2.1 通过lncRNA搜索

1. 在主页的搜索框中输入您感兴趣的lncRNA名称或ID。
2. 点击“Search”按钮，系统将返回与该lncRNA相关的所有miRNA相互作用信息。
3. 在结果页面，您可以查看每个相互作用的详细信息，包括实验验证状态、预测得分、参考文献等。

3.2.2 通过miRNA搜索

1. 在搜索框中输入您感兴趣的miRNA名称或ID。
2. 点击“Search”按钮，系统将返回与该miRNA相关的所有lncRNA相互作用信息。
3. 在结果页面，您可以查看每个相互作用的详细信息。

3.3 浏览和筛选数据

LncBase提供了多种筛选和排序功能，帮助用户快速找到所需信息。

1. 筛选实验验证的相互作用：在结果页面，您可以选择只显示经过实验验证的相互作用。
2. 按预测得分排序：您可以根据预测得分对结果进行排序，优先查看高置信度的相互作用。
3. 按物种筛选：LncBase支持多个物种的数据，您可以选择特定物种进行筛选。

3.4 交互式可视化

LncBase提供了交互式图表，帮助用户直观地理解lncRNA-miRNA相互作用网络。

1. 在结果页面，点击“Visualize”按钮，系统将生成一个交互式网络图。
2. 在网络图中，节点代表lncRNA或miRNA，边代表相互作用。您可以点击节点或边查看详细信息。
3. 您还可以调整图表的布局和显示选项，以便更好地理解相互作用网络。

3.5 数据下载

LncBase允许用户下载原始数据和结果，便于进一步分析。

1. 在结果页面，点击“Download”按钮，系统将提供多种数据格式（如CSV、TXT等）供您选择。
2. 选择所需格式并下载数据，您可以使用这些数据进行后续的生物信息学分析或实验验证。

4. 应用案例

4.1 研究lncRNA在癌症中的作用

假设您正在研究某个lncRNA在癌症中的调控机制。您可以使用LncBase搜索该lncRNA，查看其与哪些miRNA有相互作用。通过分析这些相互作用，您可以推测该lncRNA可能通过调控miRNA的表达来影响癌症相关基因的表达。

4.2 验证预测的相互作用

如果您通过生物信息学方法预测了某个lncRNA-miRNA相互作用，您可以使用LncBase验证该相互作用是否已被实验验证。如果尚未验证，您可以设计实验进行验证，并将结果提交到LncBase，为数据库贡献新的数据。

5. 结论

LncBase是一个强大的工具，帮助研究人员探索lncRNA与miRNA之间的复杂相互作用。通过本文的介绍，您应该已经掌握了如何使用LncBase进行相关研究。希望LncBase能为您的科研工作提供有力支持，推动lncRNA和miRNA研究领域的发展。

6. 参考文献

• LncBase官方网站
• Paraskevopoulou, M. D., et al. (2013). “DIANA-LncBase: experimentally verified and computationally predicted microRNA targets on long non-coding RNAs.” Nucleic Acids Research, 41(D1), D239-D245.
• Vlachos, I. S., et al. (2015). “DIANA-miRPath v3.0: deciphering microRNA function with experimental support.” Nucleic Acids Research, 43(W1), W460-W466.

通过以上步骤，您可以充分利用LncBase数据库进行lncRNA与miRNA相互作用的研究。希望本文对您有所帮助，祝您科研顺利！