exoRBase数据库怎么用

简介

exoRBase是一个专注于外泌体（exosome）RNA数据的数据库，旨在为研究人员提供一个全面的外泌体RNA资源。外泌体是细胞分泌的小囊泡，含有丰富的RNA分子，包括mRNA、lncRNA、circRNA等。这些RNA分子在细胞间通讯、疾病诊断和治疗中具有重要作用。exoRBase数据库整合了来自不同组织和疾病的外泌体RNA数据，为用户提供了丰富的查询和分析工具。

数据库访问

exoRBase数据库可以通过其官方网站访问：exoRBase官网。用户可以通过浏览器直接访问该网站，无需注册即可使用大部分功能。

数据查询

1. 基因查询

用户可以通过基因名称、基因ID或基因类型（如mRNA、lncRNA、circRNA）来查询外泌体RNA数据。查询结果将显示该基因在不同组织和疾病中的表达情况，以及相关的注释信息。

示例：

1. 进入exoRBase官网。
2. 在搜索框中输入基因名称（如TP53）。
3. 点击“Search”按钮。
4. 查看查询结果，包括表达谱、注释信息等。

2. 组织查询

用户可以选择特定的组织类型（如血液、尿液、脑脊液等）来查询该组织中的外泌体RNA数据。查询结果将显示该组织中所有检测到的RNA分子及其表达水平。

示例：

1. 进入exoRBase官网。
2. 在“Tissue”选项中选择“Blood”。
3. 点击“Search”按钮。
4. 查看查询结果，包括RNA分子列表、表达水平等。

3. 疾病查询

用户可以选择特定的疾病类型（如癌症、心血管疾病等）来查询该疾病相关的外泌体RNA数据。查询结果将显示该疾病中所有检测到的RNA分子及其表达水平。

示例：

1. 进入exoRBase官网。
2. 在“Disease”选项中选择“Cancer”。
3. 点击“Search”按钮。
4. 查看查询结果，包括RNA分子列表、表达水平等。

数据分析

1. 表达谱分析

exoRBase提供了外泌体RNA的表达谱分析工具，用户可以通过该工具比较不同组织或疾病中的RNA表达水平。分析结果以图表形式展示，便于用户进行数据解读。

示例：

1. 进入exoRBase官网。
2. 在“Expression Profile”选项中选择“Compare”。
3. 选择两个组织或疾病（如Blood和Cancer）。
4. 点击“Analyze”按钮。
5. 查看分析结果，包括表达谱图、差异表达基因列表等。

2. 功能注释分析

exoRBase还提供了外泌体RNA的功能注释分析工具，用户可以通过该工具对查询到的RNA分子进行功能注释。分析结果包括GO（Gene Ontology）注释、KEGG通路注释等。

示例：

1. 进入exoRBase官网。
2. 在“Functional Annotation”选项中选择“GO”。
3. 输入基因列表（如TP53, BRCA1）。
4. 点击“Analyze”按钮。
5. 查看分析结果，包括GO注释、KEGG通路注释等。

3. 网络分析

exoRBase提供了外泌体RNA的网络分析工具，用户可以通过该工具构建RNA-蛋白质相互作用网络。分析结果以网络图形式展示，便于用户进行数据解读。

示例：

1. 进入exoRBase官网。
2. 在“Network Analysis”选项中选择“RNA-Protein Interaction”。
3. 输入基因列表（如TP53, BRCA1）。
4. 点击“Analyze”按钮。
5. 查看分析结果，包括网络图、相互作用列表等。

数据下载

exoRBase允许用户下载查询到的外泌体RNA数据，包括表达谱数据、注释信息等。用户可以选择下载格式（如CSV、TXT）并进行自定义设置。

示例：

1. 进入exoRBase官网。
2. 在“Download”选项中选择“Expression Data”。
3. 选择下载格式（如CSV）。
4. 点击“Download”按钮。
5. 保存文件到本地。

总结

exoRBase数据库为外泌体RNA研究提供了丰富的资源和工具，用户可以通过该数据库进行基因查询、组织查询、疾病查询、表达谱分析、功能注释分析、网络分析等操作。通过exoRBase，研究人员可以更深入地了解外泌体RNA在细胞间通讯和疾病中的作用，为相关研究提供有力支持。

参考文献： - exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes. Nucleic Acids Research, 2018, 46(D1): D106-D112.