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这篇文章将为大家详细讲解有关HEDD数据库怎么用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。
增强子作为一种重要的基因组顺式作用元件,在转录调控中发挥重要作用,参与很多的生物学过程,当然也包括了疾病的发生与发展。
HEDD是一个人类增强子和疾病相关的数据库,收集整理ENCODE, FANTOM, RoadMap项目中鉴定到的增强子,并通过增强子与靶基因的调控关系,靶基因与疾病的关联,建立起增强子与疾病之间的关系。
该数据库的网址如下
http://zdzlab.einstein.yu.edu/1/hedd.php
目前共收录了2,793,316个增强子,包括RoadMap项目中采用ChromHMM软件预测到的2,328,833个增强子,FANTOM5项目中采用CAGE测序分析预测到的65,359个增强子和ENCODE项目中同时采用Segway和ChromHMM两款软件共同预测得到的399,124个增强子,示意如下
对于增强子基因组区域内包含的各种元件进行注释,提供了以下5种基本注释信息
DHS
DNase酶超敏位点注释
TFBS
转录因子结合位点注释
Histone modification
组蛋白修饰注释
Repeats
重复元件的注释
Conservation
物种间保守性的注释
利用增强子的靶基因,从以下两个角度来构建增强子与疾病之间的关联
从MalaCards,DISEASES,DisGeNET疾病数据库中获取基因与疾病之间的关联信息
从GWAS Catalog,GWASdb,CADD数据库中获取SNP位点与疾病之间的关联信息
以靶基因和位于靶基因内的SNP位点为桥梁,构建出增强子和疾病之间关联网络。
通过Search
菜单,可以通过基因组区域,疾病名称,靶基因信息进行检索,检索框示意如下
检索结果示意如下
点击第一列的增强子ID可以查看和下载详细信息
该数据库中的信息是可以免费下载的,不同于其他的增强子数据库,HEDD不仅提供了增强子的基因组区域等基本注释信息,更进一步通过靶基因建立起增强子与疾病之间的调控网络,对开展疾病中的增强子研究具有很大的参考意义。
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