LeafcircBase数据库怎么用

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LeafcircBase收录了以下5种植物模式生物的环状RNA信息

1. Arabidopsis thaliana

2. Glycine max

3. Oryza sativa

4. Triticum aestivum

5. Zea mays

   
   

采用以下两款软件来预测环状RNA

1. find_circ

2. circRNA_finder

   
   

通过官网的Browse菜单，可以浏览不同物种对应的环状RNA数据

以拟南芥为例，结果示意如下

点击来源基因的名称，可以跳转到对应的数据库。点击右上角的Download按钮，可以下载所有结果，点击Datails可以查看环状RNA的详细信息，示意如下

可以看到对应的软件。如果在其他物种中存在同源，还会列出同源环状RNA的信息，示意如下

通过该数据库，不仅可以查看植物中环状RNA的信息，还可以查看在不同物种间的同源性。

该数据库中的结果是可以下载的，在下载的excel文件中，还可以看到每个环状RNA对应的样本在SRA数据库中的编号。

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