如何绘制circos图

本篇内容介绍了“如何绘制circos图”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

数据准备

绘制需要两项基本内容，其一是染色体信息文件（核型文件），主要目的是在图片上显示出染色体，并进行颜色等相关设置；其二是标签文字文件（文本text文件），主要目的是在染色体上具体的位置将基因作为label显示。

核型文件（chr.info）
格式如下所示：

chr     -       1       Chr1    0       30427671        chr1
chr     -       2       Chr2    0       19698289        chr2
chr     -       3       Chr3    0       23459830        chr3
chr     -       4       Chr4    0       18585056        chr4
chr     -       5       Chr5    0       26975502        chr5

文件以TAB分隔，前两列可以不变，而需要注意第三列到最后一列的信息，第三列为染色体实际编号，第四列是图片上进行显示的编号，第五列表示染色体长度的起始，第六列对应染色体的终止，也就是最终长度，最后一列实际上控制的是染色体的颜色，chr1至chr5都对应不同的颜色。

text文件（text.txt）
文件格式如下（全部内容共24行，此处仅显示部分）：

5       25982254        25986435        AT5G65050
4       17835217        17838969        AT4G37940
4       12023824        12028004        AT4G22950
3       22618259        22620529        AT3G61120
1       25982294        25986349        AT1G69120

文件依然以TAB分隔，第一列表示标签文字（基因）出现的染色体实际编号，第二列第三列表示基因位于该染色体上的起止坐标位置，第四列是该基因的ID即在染色体上显示的文字。
绘图配置

进行circos绘图，需要依据最终目标整理配置文件，也就是对图片进行各种细节设置，以目标图片为例，配置文件（config.txt）如下：

chromosomes_units=100000 #chromosomes_reverse=/[12345]/ <ideogram>
    fill=yes      label_font=default     label_parallel=yes     label_radius=1.1r      label_size=45          radius=0.5r           show_label=yes            <spacing>
        default=0.005r
    </spacing>
    stroke_color=dgrey      stroke_thickness=2p     thickness=0.03r    </ideogram>
karyotype=/share/circos/result/chr.info  <plots>
    <plot>
        type=text          color=red   
        file=/share/circos/result/text.txt          label_font=condensed          label_size=30           label_snuggle=yes 参考：https://www.亿速云.com/article/678        show_links=yes           link_color=black         link_dims=0p,20p,50p,2p,2p         link_thickness=2p          r0=1r               r1=1r+200p
        rpadding=5p     </plot>
</plots>

show_tick_labels=yes  show_ticks=yes    <ticks>
    color=black      multiplier=1e-6     radius=1r        thickness=2p         <tick>
        size=10p         spacing=5u     </tick>
       <tick>
        color=black         format=%d         label_offset=10p         label_size=25p           show_label=yes          size=15p
        spacing=10u          thickness=4p
    </tick>
</ticks>

<colors>
<<include etc/colors.conf>>
<<include etc/brewer.conf>>
</colors>

<fonts>
<<include etc/fonts.conf>>
</fonts>

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
<<include etc/housekeeping.conf>>

命令行绘图

在安装软件之后，运行绘图命令，即可获得基础图片：

/share/work/biosoft/circos/circos-0.69/bin/circos -conf config.txt --outputdir ./ -outputfile test

“如何绘制circos图”的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！