FANTOM5数据库怎么用

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FANTOM全称如下

Function Annotation Of The Mammalian Genome

是一项国际性的研究项目，创建于2000年，最初的目的是对小鼠全长cDNA序列进行功能注释。随着不断发展，研究的内容在也在转录组学层面不断拓展。

在该项目的第三个阶段，采用了CAGE-seq这一技术手段来准确研究不同转录本的转录起始位点TSS, 示意如下

CAGE技术可以区分不同转录本异构体的起始位点。建立在准确的TSS位点的基础上，进一步对启动子，增强子等转录调控区域进行研究和分析。

除了常规的蛋白编码基因和转录调控外，该项目还在lncRNA, miRNA等非编码RNA,即ncRNA领域进行了研究。相关结果和数据面向全世界开放的，可以在官网下载得到。

今天要介绍的是从该项目中得到的增强子数据，网址如下

http://slidebase.binf.ku.dk/human_enhancers/

通过Human Enhancer Selector. 可以对增强子数据进行检索，如下所示

检索结果分成了两个部分，在页面左侧可以看到增强子的基因组位置，可以下载BED和FASTA格式的文件，也可以查询对应的motif分析结果，示意如下

在页面右侧，给出了增强子的表达水平，分成了以下3个层次

1. cell

2. organ

3. sample

   
   

对应不同细胞，器官，样本中的表达水平，以细胞水平的表达情况为例，示意如下

通过View Overlaps菜单，可以查看增强子相关的启动子区域以及在该增强子区域内的SNP位点，示意如下

通过以上网址，可以对增强子进行在线查找和分析。对于所有增强子的信息，可以通过以下链接进行下载

提供了BED格式的区间文件供下载。

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